Первые документальные сведения о селе Лужки относятся к 1431–1433 годам. В Лужках к этому времени уже существовал храм во имя Святителя и Чудотворца Николая Мирликийского. Видимо, этот деревянный храм через некоторое время сгорел или обветшал, но вскоре был возобновлен, поскольку в 1655 г. в книгах Патриаршего казенного приказа значилась в качестве вновь прибывшей «Церковь Николы Чудотворца в вотчине Чудова монастыря в селе Лужках, у речки Истры».

В 1730 г. вдова стольника Аграфена Феоктистовна Ладыгина подала прошение, в котором писала, что при Никольской церкви села Лужков «имеется ныне приходских дворов со сто и болши и за утеснением деревянной церкви приходских людей ныне по обещанию моему желаю я на том же церковном кладбище близ тоя же деревянныя церкви над гробами родителей своих построить вновь каменную церковь во имя Святых Первоверховных апостолов Петра и Павла... деревянную вышеописанную церковь для зимнего времени в теплую определить». В начале строительных работ А.Ф. Ладыгина скончалась и строительство было закончено ее душеприказчиком, действительным статским советником А.А. Кротовым.

6 сентября 1734 г. церковь была освящена во имя Первоверховных Апостолов Петра и Павла. Новый храм принадлежал к наиболее распространенному в те времена стилю «восьмерик на четверике», сочетавший относительно низкий четверик с массивным восьмериком, увенчанного небольшим восьмигранным постаментом.

Во время нашествия Наполеона в 1812 г. Лужки пострадали от неприятеля: было сожжено несколько домов, однако сам храм остался в целости и не был осквернен. В 1825 г. в храме проводились ремонтные работы: крыша церкви была покрыта железом вместо обветшалого тесового покрытия. В 1837 г. прихожане и причт обратились с прошением о разрешении пристроить трапезную часть храма с тем, чтобы устроить здесь два придела: свт. Николая Чудотворца и прп. Александра Свирского. Строительство было завершено в 1842 году.

После 1917 г. храм был закрыт и подвергся разграблению и частичному разрушению.

Летом 1996 г. в храме было совершено первое богослужение

В 1999 г. в храм была возвращена одна из немногих сохранившихся и принадлежащих храму икона–образ Архиепископа Черниговского Феодосия Углического, чудом уцелевшая во время пожара 1941 года.