Первые документальные сведения о селе Лужки, ныне расположенных на территории Истринского района Московской области дошли до нас в довольно ранней грамоте, датируемой исследователями периодом 1431-1433г. В этой грамоте говорится, что некий старец (монах) Авраам дал "в дом великому архистратигу Михаилу и честнаго его чада и чудотворцу Алексию Митрополиту (Чудову монастырю) вотчину Микулы Давыдовича село Лушковское и Павловское... А серебра есми положил Николе на престол полпята (четыре с половиной) рубля, попу два рубля, а проскурнице рубль, а на тое полтина рожь сеет, а на полтина пшеница сеет. А черницам рубль, а на том и рожь сеют. А полтина на поминок родителем моим, а на то пшеницу сеют. Да водит (разводит) посельской оков овса да четверть гречки."

Из этого текста следует сделать вывод, что в Лужках к этому времени уже существовал храм во имя Святителя и Чудотворца Николая Мирликийского.
К сожалению, ни старец Авраам, ни его отец Микула Давыдович в прямую не упоминаются ни в одном из дошедших до нас летописных и актовых источниках.
С начала 1430-х годов более чем три столетия Лужки находились во владении московского кафедрального Чудова монастыря.

Следующее известие о Лужках датируется 1571-м годом. Он выдался тяжелым для Русского государства. В стране свирепствовал голод, очередная эпидемия чумы унесла многие жизни. Пользуясь бедственным положением южно-крымский хан Давлет-Гирей предпринял поход на Москву. Пограничный отряд русского войска был разбит под Серпуховым и 23 мая 1571г. крымское войско оказалось перед стенами Москвы. Силы были неравными и огромный город был почти полностью сожжен. Пострадали и подмосковные села, в том числе и Лужки, где была сожжена деревянная церковь.

О судьбе Лужков в эпоху Смутного времени сведений не сохранилось. Из писцовой книги сел Московского уезда 1623 года известно, что здесь стоял "храм Никола Чудотворец деревян клетцки, а в нем образы и свечи и книги и на колокольнице колоколы все мирское строенье; да на церковной земле; во дворе поп Клементей, да на том же дворе поп Богдан; во дворе дьячок Гаврил-ко; во дворе пономарь Сенка Михайлов; во дворе просвирница Дарьица; да три кельи нищих, питаютца от церкви Божии пашни паханые церковныя середния земли две чети в поле: да в селе двор монастырский, в нем живут монастырские детеныши, 6 дворов крестьянских и 8 дворов бобыльских, людей в них 18 человек".
Видимо, этот деревянный храм через некоторое время сгорел или пришел в ветхость, но вскоре был возобновлен, поскольку в 1655г. в книгах Патриаршего казенного приказа значилась в качестве вновь прибывшей "Церковь Николы Чудотворца в вотчине Чудова монастыря в селе Лушках, у речки Истры".

В 1730 году вдова стольника Аграфена Феоктистовна Ладыгина подала прошение, в котором писала, что при никольской церкви села Лужков "имеется ныне приходских дворов со сто и болши и за утеснением деревянной церкви приходских людей ныне по обещанию моему желаю я на том же церковном кладбище близ тоя же деревянныя церкви над гробами родителей своих построить вновь каменную церковь во имя Святых Верховных апостолов Петра и Павла, а деревянную вышеписанную церковь для зимнего времени в теплую определить".
Вскоре после начала строительства А.Ф. Ладыгина скончалась и строительство было законченно ее душеприказчиком действительным статским советником А.А. Кропотовым.
В 1934 году он подал прошение, в котором сообщил, что церковь постройкой окончена и просил об ее освящении, на что 6 сентября 1734 года последовал указ; " Большаго Успенскаго собору протопопу Никифору Иванову с братьею велено: буде оная каменная церковь выстроена и со всем принадлежащим святой церкви благолепием убрана, освятить во имя Первоверховных Апостолов Петра и Павла."

Нововыстроенный храм принадлежал к наиболее распространенному в те времена стилю "восьмерик на четверике", сочетавший относительно низкий четверик с массивным восьмериком, увенчанного небольшим восьмигранным постаментом.

Строительнице Петропавловского храма А.Ф.Ладыгиной, урожденной Чоглоковой, принадлежали два небольших соседних с Лужками сельца - Марюки и Борки. Оба этих сельца известны во владении рода Чоглоковых с начала 17 века. Наиболее известным представителем этого рода был Михаил Феоктистович Чоглоков, прославившийся, как строитель знаменитой Сухаревой башни и здания Арсенала в Кремле. Именно от него оба сельца и перешли к его родной сестре А.Ф. Ладыгиной. Церковь предполагалось выстроить над могилами рода Чоглоковых, похороненных на кладбище Никольской церкви. Возможно, здесь было захоронение и самого М.Ф. Чоглокова.

Во время нашествия Наполеона в 1812 году село пострадало от неприятеля - было сожжено несколько домов, однако сам храм остался в целости и не был осквернен.
В 1825 году крыша церкви была покрыта железом вместо обветшавшего тесового покрытия. В 1837 году прихожане и причт обратились с прошением о разрешении пристроить трапезную часть храма с тем, чтобы устроить здесь два придела; "1-й Во Имя Святителя и Чудотворца Николая Мирликийского и 2-й Во Имя Преподобного Александра Свирского."

В 1842 году прихожане собрали средства на расширение трапезной и возведение колокольни, и вскоре строительство было завершено.